Preproge so vlažne, porozne in se sušijo počasi, zato so idealno okolje za razvoj glivic in bakterij. Medtem ko straniščno školjko pogosto razkužujemo, preproge ostajajo zapostavljene in lahko povzročajo draženje kože, neprijeten vonj in druge higienske težave.
Priporočljivo je, da tekstilne preproge operemo vsaj enkrat na teden – še posebej v manjših ali slabo prezračenih kopalnicah ali tam, kjer je več uporabnikov in hišni ljubljenčki. Preproge, primerne za strojno pranje, peremo pri 60 stopinjah z blagim pralnim sredstvom, brez belila. V izpiranje lahko dodamo kis za boljšo higieno. Preden jo spet položimo na tla, mora biti popolnoma suha.
Plastične ali gumijaste preproge čistimo ročno – z namakanjem v raztopini belila ali vodikovega peroksida in temeljitim drgnjenjem. Po pranju jih pustimo sušiti pokončno, da omogočimo kroženje zraka.
Za dodatno zaščito strokovnjaki svetujejo še, da pred splakovanjem zapremo pokrov školjke – s tem preprečimo širjenje bakterij na preprogo in druge površine.