Gasperini je februarja razkril, da ne bo podaljšal pogodbe s klubom serie A iz Bergama, ki se bo iztekla junija.
Italijana povezujejo s trenerskim izzivom pri Romi po upokojitvi Claudia Ranierija.
"Šele v zadnjih urah sem se zares odločil, da naredim konec tej čudoviti devet let trajajoči zgodbi," je dejal Gasperini.
"Ampak ne recimo temu slovo, to mi ni všeč. Uspelo nam je doseči nekaj nedvomno izjemnih rezultatov. Želel bi si več, a mi ni uspelo, a kljub temu smo veliko praznovali skupaj in prepričan sem, da boste to ponovili."
Pod vodstvom Gasperinija je Atalanta prvič igrala v ligi prvakov in se iz ekipe, ki se je borila za obstanek, spremenila v redne tekmece za evropske kvalifikacije.