V Nemčiji je Rafinha od leta 2005 do 2010 igral za Schalke 04, preden je od leta 2011 do 2019 užival v najuspešnejšem obdobju svoje kariere z münchenskim klubom. Z Bayernom je med drugim osvojil sedem naslovov prvaka, štiri nemške pokale ter ligo prvakov in klubskon svetovno prvenstvo leta 2013.
Rafinha se je izrecno zahvalil Schalkeju, "ki je verjel v fanta iz Brazilije", in Bayernu, "ki je bil toliko let moj dom in kjer sem v nogometu osvojil vse."
Dodal je, da se zanj zdaj začenja novo poglavje zunaj igrišča. "Toda ljubezen do nogometa je večna."